新疆在义务教育阶段免除了以下费用：

学杂费

小学每生每年免学杂费144元。

初中每生每年免学杂费196元。

教材费

取消学生的学杂费、教材费等相关费用，确保每个学生都能够免费接受教育。

住宿费

对家庭经济困难的寄宿学生补助生活费。

免住宿费由同级财政承担寄宿管理和运行成本。

此外，对于进城务工人员子女，新疆也实行同等待遇，享受上述免费政策。

综上所述，新疆初中阶段学生免除了学杂费、教材费和住宿费，并对家庭经济困难的学生提供生活补助，以确保他们能够安心学习，不受经济困难的影响。