日本留学被拒绝的原因可能包括但不限于以下几点：

入国经历和在留情况：

如果申请人的入国经历或在留情况不明确或被认为不可信，可能会被拒绝。

学历和能力：

申请人的学历如果被认为不足以证明其具有充分的学习意志和能力，也可能会被拒绝。

提交资料的可信度：

提交的资料如果被认为不可信或存在虚假信息，会导致申请被拒。

经费支付关系：

申请人需要提供足够的资金证明，以证明其有能力支付在日本的学习和生活费用。如果经费支付材料有问题，如存款不足或收入证明不可信，可能会被拒绝。

在留经历不良：

如有遣送回国、被命令回国的经历，或过去的在留经历不良等，都会影响签证申请。

隐瞒赴日经历：

如果申请人过去有赴日经历但未在材料中提及，属于刻意隐瞒，可能会被拒签。

学习意愿不强烈：

如果申请人无法证明自己的学习意愿和能力，如无法提供日语能力证明、学时证明等，可能会被拒绝。

材料不全或矛盾：

缺少必须提交的材料，或材料之间存在逻辑矛盾，也会导致申请被拒。

研修经历：

在日本有过研修经历的申请人在再次申请留学时，可能会被严格审查，若有不良行为，如被命令回国，则容易被拒签。

诚信问题：

申请材料造假者，一旦被发现，将会被拒签，并且留下不良记录。

移民倾向：

签证官可能会怀疑所有申请人都有移民倾向，特别是对于年龄较大、学历偏低的申请人，如果没有充足的理由和良好的面试表现，可能会被拒签。

学习目的不明：

如果申请人在面试中无法清晰说明自己的学习目的和计划，签证官可能会怀疑其学习动机和学习能力，从而被拒签。

为了避免被拒签，建议申请人在申请前仔细检查自己的申请材料，确保所有信息真实、完整，并且符合日本入国管理局的要求。同时，申请者应提前准备好日语能力证明、资金证明等相关材料，并在必要时寻求专业留学机构的帮助和指导。