在申请日本留学时，可以使用以下邮箱服务：

Gmail：

Google提供的邮箱服务，功能强大，内存大，支持多种语言，是国际上广泛使用的邮箱服务。

Yahoo Mail：

雅虎提供的邮箱服务，在日本有较高的用户普及率，且搜索功能强大。

Hotmail：

微软提供的邮箱服务，兼容性好，支持多种设备，注册时一般不需要手机号验证。

163 Mail：

网易公司提供的邮箱服务，安全稳定，用户界面友好，是亚洲地区广泛使用的中文邮箱。

Naver Mail：

韩国公司提供的邮箱服务，在日本和韩国的大学中较为常见。

腾讯 Mail：

腾讯公司提供的邮箱服务，在中国大陆较为常见，但在日本可能不如其他国际邮箱服务普及。

edu邮箱：

以edu结尾的邮箱大部分都是教育机构的邮箱，例如各个高校和教育类的院校经常使用这种邮箱，有助于与学校进行正式沟通。

Outlook Mail：

微软提供的邮箱服务，兼容性好，支持多种设备，注册时一般不需要手机号验证。

Zoho Mail：

国际知名的邮箱服务商，提供专业的邮件服务，支持多邮箱账号管理。

建议

选择国际通用的邮箱服务：如Gmail、Yahoo Mail和Outlook Mail，这些邮箱在全球范围内使用广泛，便于与不同国家和地区的教育机构进行沟通。

考虑安全性：如果对数据安全性有较高要求，可以考虑使用提供加密保护和双重身份验证等安全措施的邮箱服务商，如ProtonMail、Hushmail、Tutanota、Criptext等。

备份与归档：选择支持自动备份和归档功能的邮箱服务，如Gmail，以防止重要数据丢失。

语言支持：确保所选邮箱服务商支持你需要的语言，以便更好地处理邮件沟通。

综合考虑以上因素，Gmail和Yahoo Mail是申请日本留学时较为推荐的选择，因为它们在国际上使用广泛且功能强大。如果注重安全性，可以考虑使用专门的加密邮箱服务商。