去日本留学乘坐飞机需要准备以下证件：

护照：

这是最基本的证件，用于证明你的国籍和身份，在过海关和登机时都需要出示。

签证：

根据你的国籍和留学情况，你可能需要申请日本留学签证。签证通常需要提前向日本驻华大使馆或领事馆申请，并在入境时出示。

在留资格认定书：

这是证明你在日本留学期间合法居留的重要文件，通常由日本入国管理局发放。

入学许可证：

有些学校会要求你提供入学许可证，这可能在过海关时需要出示。

誓约书：

有时需要提供由日本驻华大使馆签发的誓约书，本人签字或盖章。

身元保证书：

这是资金负责人出具的一份保证书，用于证明在申请人留学期间的所有费用由资金负责人承担。

资金负责人的在职和纳税证明：

这些证明用于证实资金负责人的身份和经济能力。

签证照片：

通常需要准备2张符合要求的签证照片。

身份证及复印件：

身份证用于国内旅行或乘坐高铁等交通工具，复印件则用于各种入境表格的填写。

健康证明书：

包括体检表、X光片和接种书等，用于证明你的健康状况符合日本的入境要求。

学历证书和专业资格证书的副本：

这些文件可能需要在入境时出示，以证明你的教育背景。

国际驾照：

如果你打算在日本驾驶，可能需要提供国际驾照。

旅行保险单：

建议购买旅行保险，以防万一发生意外或行李丢失。

再入国许可：

如果你打算回国后再返回日本继续学业，可能需要办理再入国手续。

外国人登录证：

凡在日本居留的外国人都必须办理外国人登录手续，并获得登录证，以备在需要时出示。

请根据最新的官方要求和学校的具体指示，确认并准备好所有必需的证件。此外，建议提前了解并遵守日本海关和入境的相关规定，以确保顺利通关。