申请日本留学时，通常需要准备以下几类公证：

毕业证公证：

需要提供毕业证书、身份证、户口本等材料的公证件。

成绩单公证：

需要提供成绩单、身份证、户口本等材料的公证件。

学位证公证：

如果申请者拥有学位证，也需要进行公证。

亲属关系公证：

需要提供所有关系人的身份证、户口本等材料的公证件，以证明家庭关系。

预毕业证明公证：

如果还未毕业，可以开具预毕业证明并进行公证。

其他可能的公证：

根据具体情况，可能还需要提供其他一些材料，如经济能力证明、护照、签证、在留资格认定书等。

建议在准备这些公证时，提前了解并确认目标学校的具体要求，因为不同学校可能会有不同的附加要求或对公证材料有特定的格式和份数要求。此外，部分公证可以在线办理，也可以选择到公证处办理，具体方式可以根据个人便利性进行选择。