留学机构需要缴纳的税种和税率如下：

增值税

一般纳税人：增值税税率为6%。

小规模纳税人：增值税征收率为3%。

企业所得税

一般纳税人：企业所得税税率为25%。

小规模纳税人：企业所得税税率通常为25%，但对于国家需要重点扶持的高新技术企业为15%，小型微利企业为20%。

其他税费

营业税：按照收入总额的5%交纳。

城建税：根据营业税的一定比例交纳，市区为7%，县城为5%，其他地区为1%。

教育费附加：按照营业税的3%交纳。

地方教育附加：按照营业税的2%交纳。

印花税：根据收入的一定比例缴纳，通常为0.0005%。

建议

留学机构应根据自身的经营规模和身份（一般纳税人或小规模纳税人）选择合适的税率进行申报和缴纳税款。同时，建议定期咨询当地税务部门，以获取最新的税法规定和可能的税收优惠信息，确保合规操作。