留学机构咨询日本学生的费用因服务机构和提供的服务内容不同而有所差异。根据最近的信息，日本留学中介的费用大致在 1万元人民币至5万元人民币之间。这个费用通常包括了境外服务费，可能会在3万元人民币左右。此外，一些机构可能会根据学生具体情况收取额外费用，例如排名费，用于帮助学生申请排名较高的学校。

一些国内的在线留学公司，例如新东方在线、51Talk等，提供多种留学咨询服务，收费也在 1000元左右。因为线上咨询没有面对面的沟通，相对便宜一点。

建议在选择留学中介机构时，学生和家长应多做比较，选择信誉良好、服务全面的中介机构，以确保留学过程的顺利进行。同时，也要注意其他费用，如语言培训费、体检费、材料公证费等，具体金额视个人情况而定。