球鞋签名的保护方法有以下几种：

使用热缩膜

热缩膜可以完全包裹鞋子，提供更为全面的保护。使用热缩膜时，只需将其覆盖在鞋子上，然后用吹风机加热收缩即可。

使用真空袋

真空袋可以减少空气流动和湿度，从而在一定程度上保护鞋子和签名。但真空袋不能完全避免磨损和氧化，因此如果非常注重保护，热缩膜可能更适合。

定期清洁

在穿鞋前和穿过鞋子后，都应清洁鞋底和鞋身，避免污垢附着。对于皮鞋，建议使用鞋带来维持鞋型，同时定期使用皮革保养剂。运动鞋可以使用鞋垫来吸去汗水，并在保存时使用压缩袋，置于干燥的地方。

使用合适的笔签名

建议使用水性笔或油性笔进行签名，因为这些笔迹颜色鲜艳且不易褪色，还具有一定的防水效果，能够更好地保护签名不被污损。深色鞋子最好使用银色或白色的水性笔，皮革鞋面则最好使用油性笔。

封膜收藏

在签名后，可以考虑使用封膜将签名部分再次密封，以防止氧化和掉色。

综合以上方法，如果注重全面保护，建议结合使用热缩膜和真空袋，并定期进行清洁和保养。同时，选择合适的笔进行签名，并在收藏时进行适当的密封处理，可以有效保护球鞋签名。