到日本留学需要办理的证件和证书主要包括以下几类：

日语能力证书

日本语能力测试（JLPT）：这是全球普遍认可的日语证书，分为N1-N5五个级别。申请理工科类研究生至少需要达到N2水平，人文类研究生则需要N1水平。

实用日本语鉴定考试（J.TEST）：这个考试注重实际能力，适用于母语为非日本语的人员。

商务日语考试（BJT）：这项考试主要测试商务环境下的日语能力，证书在日企中有很高的认知度。

英语能力证书

托福（TOEFL）：建议优先考取托福，因为部分学校的某些专业可能只认托福成绩。托福成绩建议不要低于80分，尽可能往90分以上考取。

雅思（IELTS）：这也是一个广泛认可的英语能力证书，适用于计划在英国、澳大利亚等英语国家的留学申请。

托业（TOEIC）：评估英语听力和阅读能力，对于计划进入外资企业或日资公司工作的留学生，托业成绩是一个加分项，建议达到850分以上。

毕业与学位证明

高中以上的毕业证书和学位证书：申请语言学校或大学时需要提供。

辅修学位证明

辅修第二学位：如果打算跨专业申请研究生，辅修第二学位可以展示你在相关领域的知识储备。

本科绩点（GPA）

GPA：这是教授判断学生学习潜力的重要依据，优秀的绩点有助于在留学、保研、评奖评优等方面占得优势。

其他专业资格证书

税理士：持有者可以代理或帮助纳税人依法履行纳税义务，这个证书在日本非常有用，但合格率较低。

宅地建物取引士：这个证书涉及到日本的不动产法、土地法、不动产交易等，适合想从事房地产代理行业的人。

行政书士：专门处理行政手续的一种法律职业，拥有证书后可以根据法律，作为申请人的代理，制作和向机构提供更加专业的资料。

日本留学试验（EJU）：针对希望进入日本大学（本科）或短期大学、专科学校的外国学生设置的考试，包括日语、数学、理科或文科科目。

大学独自入学考试：除EJU外，许多日本大学还会设有自己的入学考试，包括笔试和/或面试。

国民健康保险证

国民健康保险证：在日本居住期间必须办理的证件。

签证

学生签证（留学签证）：根据留学计划，可能需要申请学生签证，具体类型有4-1-16签证和4-1-16-3签证。

在留卡

在留卡：是在日本合法居留的证明，需要到居住地的区市役所办理，并且要随时携带以备检查。

更改居留资格

更改居留资格：如果需要更改居留资格，如从留学签证改为工作签证，需要提交相关材料。

再入国许可

再入国许可：如果暂离日本后需要返回继续学业，必须到入国管理局办理“再入国许可”手续。

建议根据个人所学专业和职业规划，选择相应的证书进行考取，以提高留学申请的成功率和就业竞争力。