在日本留学时，推荐使用以下地图导航应用：

Google Maps

全球通用：不仅在日本，Google Maps在全球范围内都有广泛的应用。

详细地图：提供日本大街小巷的详细地图，包括公共交通路线和时刻表。

导航功能：可以规划地铁路线图，显示出行所需时间，精确到分钟。

卫星图像：局部地区提供详细的卫星照片，帮助用户更好地了解周边环境。

换乘案内：与Google Maps配合使用，提供公共交通换乘信息，包括电车、地下铁、巴士等多种交通方式。

Yahoo Maps

直接换乘方式：可以直接找到换乘方式。

海鸥日本地图

中文版：适合中文用户，无论国内还是国外都可以使用。

苹果地图

高清晰度：对于苹果手机用户来说，苹果地图的清晰度很高。

百度地图海外版

中文标识：提供中文标识，对于英语不太好的人来说非常方便。

建议

Google Maps是最常用的地图导航应用，功能强大且广泛适用，建议优先使用。

换乘案内对于需要详细公共交通换乘信息的用户，尤其是留学生，非常有用。

Yahoo Maps和 海鸥日本地图适合中文用户，可以作为辅助工具。

苹果地图适合苹果手机用户，提供高清晰度的地图服务。

百度地图海外版对于英语不太好的用户，提供了便捷的中文标识服务。

根据个人需求和习惯，可以选择一个或多个应用结合使用，以确保在日本留学期间的出行更加顺利。