申请就业协议有以下几个主要作用：

保障毕业生就业权益

就业协议是毕业生和用人单位之间的一份意向性协议，能够保障毕业生在寻找工作阶段的权利与义务，并约束签订劳动合同的时间和内容。如果发现劳动合同与就业协议不一致，特别是出现侵害毕业生权益的情况，毕业生应要求用人单位按照已经签订生效的就业协议，制定新的劳动合同，使其内容符合就业协议。

明确双方权利和义务

就业协议明确了毕业生、用人单位和学校在毕业生就业工作中的权利和义务，是三方签订的法律文件。这份协议有助于确保各方在就业过程中的权益不受侵害，并为后续的劳动合同签订奠定基础。

转递毕业生档案和户口关系

就业协议是转递毕业生档案和户口关系，办理报到落户手续的依据。学校凭毕业生已签订的就业协议书派遣毕业生的档案、户口等关系。毕业生需持就业协议和报到证到工作单位报到，再凭《户口迁移证》办理人事档案和户口的迁移。

统计就业率

就业协议书也是教育部门和各高校作为就业率统计的部分工作内容。通过统计签订的就业协议数量，可以了解高校的就业情况，这在一定程度上影响学校的声誉和招生政策。

身份的标志

在规定期限内签订就业协议书，学校将根据协议书编制就业计划并上报省教育厅。未签订就业协议书的学生，其就业前的个人身份将认定为“社会无业人员”，就业后不能认定其“干部”身份。

暂缓就业

对于未能及时找到就业单位的毕业生，可以申请“暂缓就业协议”，在暂缓就业期间，学校可以对其档案和户籍予以免费保管，并随时可以办理就业手续，再由校方发放《报到证》及《户口迁移证》。

综上所述，申请就业协议对于毕业生和用人单位都具有重要意义，它不仅保障了双方的权益，还在档案管理、户口迁移、就业率统计等方面发挥着关键作用。因此，建议每位毕业生在毕业前都要认真对待就业协议的签订工作。