灵活就业者档案内主要包含以下内容：

参保登记表：

记录灵活就业人员的社保参保情况。

灵活就业人员登记表：

记录灵活就业人员的基本信息。

代扣代缴委托书 （如适用）：记录通过银行代扣社保费用的相关信息。

学习和工作轨迹材料：

包括入学、毕业、工作、离职、跳槽、职称评定、异地调转、机关事业单位转企业等相关证明材料。

个人身份证和户口本复印件：

作为基本文件，用于各种办理和证明。

委托存放的授权文件（如适用）：包括受委托人的身份证和委托人的委托证明。

失业登记相关文件（如适用）：如《就业失业手册》或原《失业证》。

个体经营或开办私营企业的相关证件（如适用）：包括工商营业执照副本、民办非企业单位登记证书和组织机构代码证副本的原件和复印件。

劳动协议书（如适用）：与雇主签订的劳动协议书。

暂住证复印件（如适用）：用于证明在本市的暂住情况。

计划生育证明复印件（如适用）：特别是对于已婚育龄女性流动人员。

养老和医疗缴费记录：

证明社保缴费情况。

建议灵活就业者在存放档案时，确保所有必要文件齐全，并按照相关规定进行存放和管理，以便在需要时能够顺利提取和使用档案。