公司扣留就业证的原因可能包括以下几点：

担心员工离职：

一些用人单位扣留就业证是出于对员工离职的担忧。他们认为通过扣留证件可以限制员工的流动性，防止他们轻易跳槽。这种做法实际上是一种霸王条款，侵犯了劳动者的自由择业权。

强化企业用工管理：

就业证是记录劳动者工作经历的重要证件。有些公司可能通过扣留就业证来强化对员工的管理，确保员工在离职后不会带走自己的工作经历记录，从而便于公司进行背景调查或防止潜在的商业竞争。

规避法律责任：

有些用人单位可能会利用扣留的就业证从事不法活动，例如在员工离职后利用其证件信息进行不正当操作，导致员工面临法律责任。这种做法不仅对员工不公平，也是违法的。

控制员工：

一些公司可能通过扣留证件来对员工进行控制和操纵，例如以证件未办理完毕为由要求员工继续工作而不给予相应的薪酬，或者利用员工的证件信息进行其他不法行为。

法律依据

根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十四条的规定，用人单位违反本法规定，扣押劳动者居民身份证等证件的，由劳动行政部门责令限期退还劳动者本人，并依照有关法律规定给予处罚。这表明，用人单位扣留劳动者就业证的行为是违法的，劳动者有权要求用人单位退还证件。

建议

劳动者在面对公司扣留就业证的情况时，应该了解自己的权益和法律法规，积极与用人单位沟通，要求退还证件。如果用人单位拒绝退还，劳动者可以向当地劳动行政部门投诉或寻求法律援助，维护自己的合法权益。