就业协议书编号的主要用处包括：

唯一标识：

就业协议书编号是每位毕业生在众多就业协议中的唯一标识符，类似于毕业证上的编号，用于区分不同的就业协议。

便于管理：

编号有助于学校、用人单位和毕业生本人进行就业协议的管理和查询，方便登记、存档、统计就业率以及记录签订协议的人数。

权益保障：

就业协议书是明确毕业生、用人单位和学校三方在毕业生就业工作中权利和义务的书面形式，编号可以确保协议的正式性和有效性，并为毕业生提供法律保护。

办理手续：

就业协议书是毕业生办理就业落户手续、转递档案和户口关系的重要依据，编号可以加快相关手续的办理过程。

统计和分析：

编号有助于对就业协议进行统计和分析，从而提高毕业生就业管理的效率和质量。

防止冲突：

在毕业生与用人单位达成就业意向后，编号可以防止不同协议之间的冲突，确保协议的准确性和有效性。

综上所述，就业协议书编号在就业过程中起到了重要的管理和法律保障作用，确保每位毕业生的权益和顺利就业。建议毕业生在签订就业协议书后，及时将编号上报至相关管理部门备案，以便顺利办理后续手续。