海员就业合同的主要限制包括以下几点：

合同期限

根据《中华人民共和国海商法》第58条第二款的规定，海员就业合同应当为固定期限合同，期限至少为两年。

工作时间

新签订的海员就业合同应保障船员在船连续工作时间不超过12个月；对于部分港口国有特殊要求，遵从港口国意见，稳妥做法为不超过11个月。

平等自愿、协商一致

签订劳动合同应当遵循平等自愿、协商一致的原则，不得违反法律、行政法规的规定。

禁止歧视

雇主在建立劳动关系、提职、发布指令或发出解约通知时，不得因雇员的性别而歧视雇员，除非这一职业要求一定的性别作为其不可放弃的条件。

合同文本

船员应当与用人单位签订书面的劳动合同，劳动合同文本由船员用人单位和船员各执一份。

劳务派遣限制

使用国际远洋海员时，不受临时性、辅助性、替代性岗位和劳务派遣用工比例的限制。

对于国内船员与境内船东发生劳动或劳务关系，仍需要遵守相关劳务派遣的规定，可能受到“三性”及用工总量10%的比例限制。

这些限制旨在保护海员的合法权益，确保他们在工作中的平等和公正待遇。建议海员和用人单位在签订就业合同时，务必仔细阅读并遵守相关法律法规，以维护各自的权益。