在部队保留学籍的流程如下：

报名应征入伍

在报名参军时，需携带学校录取通知书、身份证、户口本、学历证书等相关材料到地县级人民政府领取《应征入伍普通高等校录取新生保留入学资格申请表》。

填写申请表

填写《应征入伍普通高等校录取新生保留入学资格申请表》，并实事求是地填写相关信息。填写完成后，按当地公务人员的要求保存，此时申请表不加盖公章。

入伍通过

入伍通过后，保留学籍申请书会由政府部门加盖公章，连同入伍通知书的复印件一起寄送到被录取的学校。

学校处理

被录取的学校根据规定，发给《保留入学资格通知书》，交本人保管或委托他人保管。退伍后，凭此通知书可继续读书，并享受国家相关政策优惠。

退役后入学

退役后，持《保留入学资格通知书》和高校录取通知书，在退役当年或第二年的高校新生入学期间，到录取高校办理入学手续。

法律依据

根据《中华人民共和国兵役法》，现役军人入伍前已被普通高等学校录取或正在普通高等学校就学的学生，服役期间保留入学资格或学籍，退出现役后两年内允许入学或复学，并享受奖学金、助学金和减免学费等优待。

建议：

在入伍前，务必详细了解并准备好所有相关材料和手续，以确保学籍能够顺利保留。

入伍后，及时与所在部队和学校保持联系，确保学籍保留和复学手续的顺利进行。