如果您的日本留学签证丢失了，可以按照以下步骤进行补办：

及时通知相关机构

首先，您需要通知日本的移民局及您所在学校的出入境管理部门，告知他们您的签证丢失情况，并询问是否需要延期开学日期。

报案并获取报案证明

到当地派出所报案，并索取报案证明。这个证明将用于后续的签证补办手续。

登报声明

在当地市级以上出入境管理处指定的报纸上登载丢失声明，以证明您已经尽到了告知义务。

申请补办护照

携带您的身份证和户口本，以及上述的报案证明，前往当地出入境管理处办理补办护照的手续。办理护照的周期通常为3个月。

联系使领馆

取得新的护照后，您需要联系日本国驻华使领馆，将报案证明和报纸登报丢失声明的复印件递交给他，以申请补办签证。

准备更新留学在留资格的材料

根据日本入国管理局的要求，准备好更新留学在留资格所需的各类材料，如护照、在留卡等。

填写申请表格并提交

填写在留资格更新申请表格，并将准备好的材料提交给指定的入国管理局窗口，等待审查。

领取新的在留卡

审查通过后，您会收到一封明信片，按照明信片上的指示，携带相关证件前往入国管理局领取新的在留卡。

建议您在办理签证补办手续时，保持与使领馆和学校的密切沟通，确保所有步骤都符合要求，以便能够顺利补办签证。同时，注意备份所有相关文件，以防原件丢失或损坏。