疫情后留学机构办理证件的步骤如下：

准备必要材料

身份证（临时居民身份证）原件。

符合要求的彩色照片一张（在出入境管理局直接拍摄即可）。

出入境证件申请表（在出入境管理局填写即可）。

留学机构的营业执照复印件（加盖公章）。

与留学机构的留学协议。

学校的录取通知书中文和日文版。

学生本人的情况说明。

留学申请材料清单。

新冠疫苗接种凭证（部分出入境管理局需要提供）。

联系出入境管理局

由于各地出入境管理处对护照办理材料的要求可能不同，建议先联系当地出入境管理处询问所需具体材料，并准备好相关材料。

网上预约申请

需要网上预约申请的地区，应首先在网上提交申请，预约成功后按照预约的时间到预约地点办理。

提交申请

申请需要本人亲自去出入境办证大厅提交，不能第三方委托。未满16周岁或70岁以上的申请人，可以委托代办人，代办人需要提交身份证。

审核与核实

移民管理机构收到材料后，会根据学生递交的材料，通过电话联系或到留学中介实地现场，进一步核实和确认学生留学具体申请信息。

等待审批

提交材料后，需要等待审批。一般情况下，正式受理材料之后，7个工作日可以办理完成护照，但由于审核材料时间不稳定，可能会比往常更久，可能久至15个工作日。

领取护照

审批通过后，按照出入境管理局的通知领取护照。

建议

提前准备：由于办理护照需要一定时间，建议提前准备好所有材料，并提前预约。

保持沟通：在办理过程中，保持与出入境管理局的沟通，及时了解办理进度和所需补充的材料。

选择可靠的中介：如果通过留学中介办理，确保选择有资质和良好口碑的中介机构，以便在办理过程中遇到问题时能得到及时解决。