在职留学人员的档案存档可以通过以下几种方式进行：

原单位存档

如果在职留学人员在原单位办理自动离职或辞职后自费出国留学，其人事档案属于流动人员人事档案，可以由原单位所在地的公共就业人才服务机构管理。

存档流程包括：本人持户籍卡及有效身份证件原件，并提供与原单位解除或终止人事关系的证明，到户籍所在地或现工作单位所在地的公共就业人才服务机构开具调档函。然后，本人持调档函与档案所在单位（学校）办理调档事宜。档案转递应当通过机要通信、专人送取或邮政特快专递等给据邮件方式进行。

留学服务中心存档

留学回国后，首先到教育部留学服务中心办理国外学历学位认证。找到工作单位后，还需要办理《就业报到证》和《落户介绍信》。

如果档案在出国前的学校，由学校出具档案保管证明原件。如果档案在自己手中，需要先把档案存入用人单位、用人单位委托的人事代理机构或户籍所在地的人才中心，并由存档机构出具档案保管证明原件。

留学服务中心存档提交材料包括：存档人本人身份证复印件、护照个人信息页复印件、学生签证页复印件、国（境）外院校录取通知书复印件、已经在国（境）外就读者还需提交学生证复印件等。

人才市场存档

如果档案在出国前存放在人才市场，可以将其转入现工作单位或户籍所在地的人才市场，并由存档机构出具档案保管证明原件。

建议

提前规划：在职留学人员在留学前应提前了解并规划好档案的存档方式，确保档案能够顺利转入现工作单位或相关机构。

准备齐全材料：根据不同的存档方式，准备好所有必要的材料，如身份证、护照、录取通知书、学历学位认证书等。

及时办理：留学回国后，应尽快办理学历学位认证、就业报到证和落户介绍信等手续，并及时将档案转入相应的存档机构。

通过以上步骤，在职留学人员可以顺利完成档案的存档工作。