选择日本留学读研时，可以从以下几个方面进行综合考虑：

自身条件评估

学业成绩：GPA是衡量学习能力的重要指标，一般排名靠前的国公立大学要求GPA在3.0以上，顶尖大学如东京大学、京都大学等要求GPA3.5+。

语言能力：根据自己的日语和英语水平选择合适的学校和专业。如果日语N1水平且英语较好，可以冲刺顶尖大学；如果只有N2水平，可选择中等水平的学校或专业。

专业背景：如果是跨专业申请，难度会相对较大，需要提前了解目标专业的基础知识和研究方向，部分专业如医学、法学等对专业背景要求较为严格。

学校综合排名：虽然排名不能作为唯一标准，但在一定程度上能反映学校的整体实力和学术声誉，如QS世界大学排名和THE世界大学排名等可作为参考。一般建议选择排名前20的学校中的2-3所作为拔高院校，2-3所适中院校以及2-3所保底院校。

专业实力：不同学校有各自的优势专业，如东京大学、京都大学的全学科都很强，大阪大学的经济学、工学专业突出，东北大学的医学、材料学、经济学专业优势明显等。

研究兴趣和方向

选择学校之前，需要确定自己感兴趣的研究领域，并调查和比较不同大学和研究机构在该领域的研究水平和成就。

课程设置和教学方法

了解不同大学的课程设置和教学方法，选择提供适合自己学习方法的大学或机构。例如，有些大学的课程比较注重实验、研究和创新，有些则更注重人文和社会科学领域的研究。

奖学金和资金支持

考虑到在日本生活的高昂成本，留学生还需考虑大学或机构是否提供奖学金或资金支持。一些研究机构和大学会提供奖学金等灵活的资金形式帮助留学生的生活和学习。

师资和声誉

选择在该领域有领导地位的学者和导师，并研究大学或机构在学术和社会领域的影响及其声誉。

地理位置和生活成本

选择大学时，还需要考虑地理位置和生活成本。日本的大城市（如东京、大阪和京都）生活成本相对较高，而其他城市（如仙台和名古屋）生活成本相对较低。

跨专业申请

对于跨专业申请，建议选择教育学和社会学这类文科专业，因为入门相对简单，更容易掌握。经济学和心理学等专业的申请难度较大，需要具备相关知识和经验。

申请途径

可以选择国内申请研究生、语言学校过渡或直接考修士等途径。每种途径各有优劣，需根据个人情况和目标进行权衡。

综上所述，选择日本留学读研需要综合考虑自身条件、研究兴趣、课程设置、奖学金、师资、地理位置等多个因素，制定一个全面而详细的计划，以提高申请成功的几率。