申请日本留学期间的申根签证，可以参考以下步骤：

确定申请哪个国家的申根签证

检索你主要停留国（或飞机降落国）的在日大使馆的官网，找到有关签证的地方，再找申根签证，确认所需要的材料和预约系统。

大使馆官网预约时间

有些国家可以在填申请表前预约，有些则需要填好申请表才能预约。注意，有些国家的大使馆官网语言不同，信息可能会有所不同，建议使用英文进行查询和预约。

准备材料

根据大使馆官网的要求准备所需材料，通常包括申根申请表、证件照、有效护照、申请费用、在留卡、在职证明或在学证明、旅行社的预约材料或自由行计划、往返机票、酒店预约表等。

提交材料

在预约好的时间里亲自去大使馆提交材料，有些情况下也可以选择去签证中心递交资料预约面签或者预约使馆递交资料面签。

等待签证审批

提交材料后，等待签证审批。审批时间因国家和情况而异，有时可能需要几周到几个月。

领取签证

签证审批通过后，按照大使馆的通知领取护照和签证。

建议：

提前规划：尽早开始准备签证申请，以确保有足够的时间处理各种手续和材料。

仔细核对材料：确保所有材料都符合大使馆的要求，避免因材料问题导致申请失败。

关注签证政策：签证政策可能会有所变动，建议定期查看大使馆官网或签证中心的最新信息。