申请日本留学奖学金的过程可以分为以下几个步骤：

收集奖学金申请信息

在日本各大学留学生科、日本文部科学省官网以及各留学生支援机构相关的网站进行调查，了解针对留学生的奖学金种类、条件、申请时间以及提交材料等信息。

写奖学金申请书

根据所申请的奖学金具体要求撰写申请书，说明留学日本的理由、在大学院进行的专业研究及已经取得的成绩，强调专业研究的学术研究价值和对未来研究的帮助。

说明目前的收支情况，如果有打工经历，说明打工对研究的不利影响，并表达专心研究的决心。

参加奖学金申请面试

有些奖学金要求面试，需认真对待。注意服装整洁，在自我介绍中说明来日本留学及专业研究的理由，强调经济支持的重要性及获得奖学金后的规划。

准备其他奖学金材料

除了申请书外，还需准备导师的推荐信、资金证明、生活收支证明、打工证明及银行存折记录复印件等材料。

主动与学校保持联系

在申请过程中，保持与学校的联系，及时了解申请进展，必要时补充材料，增加申请成功率。

主动与学部长联系

日本大学认为学部长或其他专职人员能客观审查与评定申请人的学术能力，因此应保持与学部长的联系，展示自己的学术实力。

选择合适的推荐人

推荐人应具有研究业绩和学术地位，而非仅仅是头衔和职位。最好选择与所申请奖学金的学校有学术联系的教授或毕业教师。

申请不同类型的奖学金

除了日本政府的奖学金外，还可以申请地方政府、国际交流团体及民间团体提供的奖学金，了解各奖学金的申请途径和条件。

及时提交申请材料

根据各奖学金的要求，按时提交完整的申请材料，并注意材料的有效期。

通过以上步骤，留学生可以系统地申请日本留学奖学金，增加获得资助的机会。建议在申请过程中保持积极的态度，及时与学校和相关部门沟通，确保申请材料的真实性和完整性。