从日本留学回国时，处理日元的方法有以下几种：

携带现金

根据中国海关和香港海关的规定，入境时携带的现金限额是5000美金或等值外币，超过这个数额需要申报并可能上缴部分税款。

建议携带不超过2万元人民币和5000美金，因为超过这个数额需要申报，并且汇率可能不划算。

银行兑换

可以在中国银行或其他外币兑换处将日元兑换成人民币。汇率会根据市场波动而变化，建议在汇率较低时进行兑换。

也可以办理中国银行的Visa储蓄卡，通过购汇买日元现钞，然后转到VISA储蓄卡，在711等便利店取款机上取日元，这种方式相对划算。

国内银行转账

可以通过国内银行向日本银行账户转账，但需要注意每人每年有30万美金的转账限额。

转账过程中可能会产生一定的手续费，具体费用和到账时间需要咨询银行。

使用银联卡

在日本使用银联卡在711等便利店取日元是最划算的方式，因为这种方式汇率损失较小，手续费也较低。

其他方式

可以通过朋友或家人在日本购买电子产品等物品后带回国内，既保值又可能获得汇率差价。

也可以考虑在日本办理中国银行的银行卡，通过父母向该卡汇款，然后在日本的ATM机上取日元。

建议

提前规划：根据个人需求和汇率情况，提前规划好日元的兑换和使用方式。

了解政策：详细了解中国海关和香港海关关于携带现金和外汇的规定，避免违规。

选择合适的方式：根据汇率、手续费和个人需求选择最合适的兑换和转账方式。