日本留学生在选择交通时，可以考虑以下几种主要方式：

地铁：

地铁是东京等大城市的主要交通工具，具有快捷、实惠的特点。东京的地铁系统由两家公司运营，分别是东京地下铁股份有限公司和东京都交通局，线路繁多，覆盖广泛。

JR线：

JR线是连接日本主要城市的铁路系统，票价相对统一，列车可直通各公司连接区间。JR线提供了从快速到特急等多种列车类型，满足不同乘客的需求。

电车：

电车在日本非常普遍，分为各站停车、快速、特别快速等种类。电车的票价通常按照距离计算，且提供月票等优惠票务选择。

公交车：

公交车在东京的使用频率不如地铁，但在其他城市如京都较为常见。公交车票价依行驶距离而定，有固定的路线和时间表。

出租车：

出租车价格较高，一般不推荐作为日常出行方式，但在特殊情况下（如夜间或偏远地区）可能会使用。

新干线：

新干线是连接日本主要城市的高速铁路，提供快速、舒适的服务，也有针对学生的优惠票价。

步行和自行车：

对于短途出行，步行或骑自行车是便捷的选择。日本有明确的交通规则和自行车道，但需要注意遵守规定。

交通卡：

Suica和ICOCA是两种常用的交通充值卡，可以在自动售票机上购买和充值，用于乘坐地铁、公交等公共交通工具。

综合考虑，地铁和JR线是留学生在日本出行的主要选择，因为它们覆盖广泛、班次频繁且票价相对实惠。此外，购买交通卡可以节省交通费用，提高出行效率。在购买交通卡之前，建议了解当地的交通系统和票价政策，以便更好地规划行程。