在日本留学期间，处理学籍问题的方式主要有以下几种：

休学

可以向学校申请办理休学，根据国内大多数学校的休学制度，休学的同学可以在两年之内复学。如果在国外出现不太顺利的情况，还可以回国继续读着。

转学籍

如果打算转入其他学校，需要按照目标学校的转学流程进行操作，包括联系目标学校、申请入学、办理转学手续、注销原学校以及完成入学手续等。

注销原院校学籍

出国留学前，需要前往原院校办理学籍注销手续，拿到注销证明等相关材料。注销手续时间最好提前1-2个月开始走流程，以免因注销数据未处理完毕而造成不必要的麻烦。

建议

保留学籍：如果可能，建议保留国内学籍，这样即使在国外遇到困难，也可以回国继续学业。

提前规划：无论选择休学还是转学籍，都需要提前了解相关政策和流程，并做好充分准备。

咨询专业人士：在处理学籍问题时，可以咨询学校的教务处、辅导员或专业的留学顾问，以确保手续的顺利进行。

根据以上信息，你可以根据自己的实际情况和需求，选择最适合自己的方式处理学籍问题。