选择日本留学学校时，可以考虑以下几所顶尖大学：

东京大学：

作为日本第一所国立综合性大学，东京大学在多个学科领域具有世界级的学术影响力，培养了众多诺贝尔奖得主和日本首相。

京都大学：

与东京大学并称为日本的“清华北大”，京都大学在基础研究和应用研究方面均有卓越表现，提供多种英语授课的学位课程。

东京工业大学：

专攻工程技术与自然科学，东京工业大学在世界大学排名中位居前列，是日本超级国际化大学计划的A类顶尖校之一。

大阪大学：

作为日本著名的国立大学，大阪大学在医学、理学、文学、工学等领域享有高声誉。

早稻田大学：

日本私立大学中的顶尖学府，以政治经济学、文学、商学等热门学科著称，培养了许多知名企业和政治家。

立命馆大学：

位于京都，与国际知名大学合作紧密，尤其在国际关系研究科方面享有盛誉。

庆应义塾大学：

日本历史最悠久的私立综合性高等教育机构，入选了“超级国际化大学计划”，在法学、文学、综合政策、经济学等领域有显著优势。

上智大学：

与早稻田大学、庆应义塾大学合称为日本三大私立名门，其国际教养、法学、外语等学科在国际上享有高声誉。

一桥大学：

专注于人文社科研究，与东京大学、京都大学等七所旧帝国大学合称为“旧帝一工神”，在经济学、法学、政治学等领域具有高水准。

筑波大学：

日本著名的研究型综合国立大学，入选“超级国际化大学计划”，在多个学术组织和项目中占有重要地位。

根据以上信息，建议根据个人兴趣、专业需求和未来职业规划来选择合适的学校。如果对特定领域的研究感兴趣，可以优先考虑在该领域有突出表现的学校。同时，考虑到学校的地理位置、学费和生活成本也是重要的因素。