学校不肯保留学籍的原因可能包括以下几种情况：

违反校规：

学生可能因为违反学校的规定而被取消学籍。

未按时交纳学费：

如果学生未能及时支付学费，学校可能会暂时冻结其学籍。

成绩不达标：

如果学生的成绩连续不达标，学校可能会暂停其学籍。

休学、转学、辍学等情况：

学生可能在面临这些情况时，需要先了解具体原因，并与学校相关部门沟通咨询。

主动申请退学：

学生主动申请退学的情况下，学校可能不会保留学籍。

地方入伍不符合程序：

如果学生从地方入伍而不是在学校入伍，可能不符合在校大学生征兵程序，因此学校可能不会保留学籍。

学校管理问题：

在一些学籍管理不严的地方，学校可能会收钱让学生不来上学还能保留学籍，但这并不符合相关规定。

政策问题：

如果学籍确实因为政策问题不能保留在原学籍所在学校，学生需要想法转学籍。

根据相关法律规定，学校必须为学生保留学籍，除非有特殊情况，如学生主动申请退学或学校因违反规定取消学籍等。因此，学校在处理学籍问题时，应严格按照相关法律法规和校规校纪进行操作。

如果学生面临学校不给保留学籍的情况，可以尝试与学校沟通了解具体原因，并在必要时申请减轻处罚或申诉。