日本留学入关需要准备以下文件和手续：

护照：

作为身份证明，必须携带。

入学许可证：

由日本教育机构提供，证明已被录取。

在留资格认定书：

由日本教育机构发行，证明有资格在日本居住。

入境卡：

在入境时填写，包括随身携带钱款的申告等内容。

再接收证明书 （如适用）：在留超过3个月的同学需要。

身份证（如适用）：在国内乘坐高铁等交通工具换乘的同学需要携带。

机票：

作为旅行证明。

誓约书（如适用）：加盖国内签证处[受领印]印章，再多复印一份备用。

确认书（如适用）。

存款证明：

留学生本人的存款证明，可能还需要提供资金形成过程的资料。

语能力证明：

如J-TEST或TOEFL等。

资格外活动许可申请书（如适用）：如果打算在日本打工，需要提前申请此许可。

健康申报：

通过Visit Japan Web系统或海关旅客指尖服务填写。

在留卡：

在机场入境处办理，相当于日本的身份证。

其他可能需要的文件：

如住民登记证明、国民健康保险证、银行卡、电话卡等。

建议在出发前仔细检查并准备好所有必要的文件，以确保顺利通关。