日本留学的手续费主要包括以下几个方面：

中介服务费

语言学校申请：免费申请，因为中介可以通过语言学校拿到佣金。

本科/专业学校申请：中介服务费约2万-3万元人民币。

硕士申请：中介服务费一般在4万元人民币左右，其中约1万元是中介收的服务费用，其余近3万元是帮助申请者联系导师所需的费用。

签证费用

签证签发手续费：一次有效签证人民币200元，多次有效签证人民币400元。

体检费用

一次需要1000元左右，需要直接交给医院的收费部门。

考试费用

N1、N2报名费为550元；N3、N4、N5报名费为450元。

申请费

一所学校大概是200元左右，申请多所需要缴纳多份。

境外服务费

通常在3万元人民币左右。

其他费用

个人出国证件办理费用：护照办理约300元，报名照20元，改换新的户口簿10元。

亲属关系公证费：300元/份。

认证费用：高考425元或学历认证335元。

机票费用：约1000~5000元人民币。

邮寄费用：EMS/DHL约300-500元人民币。

建议

选择中介机构：如果觉得自己没有太多精力和时间处理留学手续，建议选择一家经验丰富且信誉良好的中介机构，虽然会增加一些费用，但可以省时省心，提高成功率。

准备充足：办理日本留学签证时，务必准备好所有必需的材料，并按照要求支付相关费用，以避免因材料不全或费用不足而导致申请失败。

预算规划：留学日本的总费用可能会达到4万元人民币左右，建议提前规划好预算，并留出一定的备用金以应对不可预知的费用。