日本留学机构的费用因机构而异，但大致如下：

中介服务费

一般在1万元人民币左右。

境外服务费

通常在3万元人民币左右。

其他费用

包括申请费、签证费、保险费、住宿费、学费和生活费等，具体金额视个人情况和选择的服务而定。

综合来看，申请日本留学的总费用大约在1万元至4万元人民币之间，但具体费用还需根据个人需求和选择的机构而定。

建议：

在选择留学机构时，建议详细咨询各机构的收费标准，了解具体包含的服务内容，以便做出更合适的选择。

同时，考虑到日本的生活费和学费相对较高，建议在预算中留出足够的空间。