商务签留学日本的费用主要包括以下几部分：

单次有效签证：

人民币200元。

多次有效签证：

人民币400元。

短期滞在签证 （如旅游、探亲访友等）：费用约为人民币350元。

商务签证：

费用约为人民币350元。

留学签证：

费用约为人民币460元。

工作签证：

费用根据工作性质而定，一般为人民币约580元。

代办机构服务费：

一般需要额外支付200元的服务费，且每年4月可能会根据汇率的变化进行调整，只能现金支付。

因此，去日本留学的签证费用大致在200-650元之间，具体费用还需根据个人选择的签证类型和办理方式而定。如果通过代办机构办理签证，费用可能会更高，建议提前咨询最新的签证费用信息。

建议：

选择签证类型：根据个人行程安排选择单次有效、多次有效或留学签证。

考虑代办服务：如果选择通过代办机构办理，需额外支付服务费，建议提前了解清楚费用明细。

准备充足资金：商务签证属于短期滞在签证，不允许打工，需准备充足的住宿和生活费用。