日本留学挂科续签的费用如下：

在留资格更新手续费：

4000日元。

签证更新手续费：

4000日元。

建议：

如果签证为一次有效，费用为200元人民币。

如果签证为多次有效，费用为400元人民币。

考虑委托代办机构办理时，总费用为400元（签证费）+ 200元（代办费）= 600元人民币。

因此，挂科续签的主要费用是在留资格更新手续费，为4000日元，即约人民币2000元（按当前汇率估算）。此外，如果需要委托代办机构办理，还需额外支付200元人民币的代办费，总费用约为人民币2200元。