日本留学的手续费大致如下：

签证申请费

一次有效签证申请费为人民币200元。

多次有效签证申请费为人民币400元。

入学手续费

语言学校首年入学费用约为4000元人民币，其中入学手续费约为8万日元，折合人民币约4000元。

大学首年入学费用约为1万元人民币，其中入学手续费约为20万日元，折合人民币约1万元。

考试报名费

N1、N2报名费为550元；N3、N4、N5报名费为450元。

其他费用

赴日后需要进行体检，体检费用约为1000元人民币。

机票费用：约1000~5000元人民币。

邮寄费用：EMS/DHL约300-500元人民币。

中介服务费：一般在1万元人民币左右，可能包含后续与语言学校提交材料时的邮费等。

综上所述，日本留学的手续费主要包括签证申请费、入学手续费、考试报名费、体检费用、机票费用、邮寄费用和中介服务费等。具体费用因个人情况和选择的学校、专业等因素可能有所不同。建议提前了解并准备好相关费用，以确保留学过程的顺利进行。