申请日本留学时，通常需要准备以下几类公证文件：

身份证明：

包括身份证、护照等有效证件的原件及复印件。

学历证明：

从小学到大学的毕业证书、学位证书及成绩单的中英文对照公证件。特别是高考成绩单和大学成绩单，需经过公证处核实真实性。

出生证明：

出生公证是证明出生年月日及生父母姓名的重要文件，需提供出生医学证明或户口本等相关材料。

经济能力证明：

如银行存款证明、父母收入证明等，以证明你有足够的经济能力支持在日本的学习生活。

语言能力证明：

如JLPT（日本语能力测试）或EJU（日本留学考试）成绩单，这些成绩单同样需要公证。

亲属关系公证：

用于证明你与在国内的亲属之间的关系，满足日本入国管理局的签证要求。所需材料包括身份证、户口簿、亲属的身份证明、婚姻状况凭证、出生证明文件等。

其他可能需要的公证：

根据具体情况，还可能需要提供其他相关材料，如护照、签证、在留资格认定书等。

建议在准备这些公证文件时，提前了解并确认所需的具体材料和公证流程，以确保申请过程顺利进行。