江苏工程职业技术学院（现更名为南通理工学院）有多个专业都具有一定的优势和特色，以下是一些王牌专业：

现代纺织技术：

该专业是国家示范高职院校重点建设专业，也是江苏省高水平高职院校建设单位的专业之一。毕业生在纺织行业具有广泛的就业前景。

服装设计：

该专业也是国家示范高职院校重点建设专业之一，注重培养学生的实践能力和创新设计能力，毕业生在服装行业有较高的就业竞争力。

染整技术：

该专业同样是国家级和省级的重点建设专业，毕业生在染整行业具有较强的工作能力。

电子商务：

该专业被列为国家示范性高职院校重点建设专业，注重培养学生的电子商务实践能力和创新创业精神，毕业生就业前景广阔。

工程造价：

该专业旨在培养掌握工程造价基本理论和技能的高级应用型人才，在江苏省内具有一定的知名度和影响力。

工业机器人技术：

该专业是南通理工学院的校级重点建设专业，随着智能制造的快速发展，该专业毕业生具有较强的市场需求。

生物制药技术：

该专业集生物技术和制药工艺于一体，旨在研发和生产高质量的药物和保健品，毕业生在医药行业具有较强的就业竞争力。

数字化染整技术：

该专业是2024年江苏省级特色专业之一，注重数字化技术的应用，毕业生在染整行业具有较强的工作能力。

电气自动化技术：

该专业是2024年江苏省级特色专业之一，注重电气自动化技术的应用，毕业生在相关领域具有较好的就业前景。

建筑室内设计：

该专业在2024年江苏工程职业技术学院的投档线较高，显示出其在建筑室内设计领域的较强竞争力。

化妆品技术：

该专业在2024年江苏工程职业技术学院的投档线较高，显示出其在化妆品技术领域的较强竞争力。

智能控制技术：

该专业在2024年江苏工程职业技术学院的投档线较高，显示出其在智能控制技术领域的较强竞争力。

根据以上信息，江苏工程职业技术学院的王牌专业主要集中在现代纺织技术、服装设计、染整技术、电子商务、工程造价、工业机器人技术、生物制药技术、数字化染整技术、电气自动化技术、建筑室内设计和化妆品技术等领域。这些专业在行业内具有较好的就业前景和较高的社会认可度。

建议学生在选择专业时，可以根据自己的兴趣和职业规划，结合各专业的特点和就业前景，做出合适的选择。