灵活就业人员只缴纳两险的原因主要是 为了降低缴费费率，减轻灵活就业人员缴纳社保的经济负担。与用人单位建立劳动关系的职工需要参加五个险种（养老、医疗、失业、工伤和生育），而灵活就业人员则可以自愿选择参加基本养老保险和基本医疗保险两个险种，不用缴纳失业、工伤和生育保险费，因此缴费金额相对较低。

此外，灵活就业的形式多样，包括自由职业者和临时工等，他们的工作性质和工作时间灵活度不同，所以社保政策也需要相应调整。灵活就业人员只缴纳两险，也是根据《社会保险法》等有关规定制定的，以满足这部分人群的社保需求。

综合来看，灵活就业人员只缴纳两险是为了在保障基本养老和医疗需求的同时，降低他们的经济负担，适应他们灵活的工作性质。