就业协议一式三份主要是为了明确毕业生、用人单位和学校三方在毕业生就业工作中的权利和义务。具体原因如下：

三方各执一份

学校：持有一份就业协议，用于备案、统计和上报就业数据。

用人单位：持有一份就业协议，用于确认聘用关系和办理相关入职手续。

毕业生：持有一份就业协议，作为自己入职和档案转移的依据。

一份存入毕业生档案

就业协议中存入档案的一份对于确认入职方式、认定工作年龄、干部身份等具有重要意义。

法律效力

就业协议属于三方协议，具有比一般就业合同更高的法律效应。

每份协议都有唯一的编号，毕业生不得换用或伪造协议书。

其他用途

就业协议书也是学校落实、汇总、上报教育部毕业生就业方案的唯一依据。

签署就业协议书是毕业生将人事关系、组织关系、学籍档案、户口等转移到用人单位的必要条件。

综上所述，就业协议一式三份是为了确保三方在就业过程中的权益和义务明确，并且具有法律效力，同时方便各方在需要时查阅和使用。