日本留学中介的盈利模式主要包括以下几个方面：

佣金收入：

日本语言学校会支付给申请中介一定标准的“招生奖金”或回扣，这是中介的主要盈利来源之一。

中介费：

传统中介除了从语言学校获得佣金外，还会收取高额的中介费，这部分费用通常在2-5万元不等。有些中介可能不收取中介费，而是通过其他方式获得收益，例如推荐学生到合作的语言学校，并从中获得学费提成。

其他附加服务费用：

中介机构可能还会提供一系列附加服务，如签证材料指导、翻译费、制作费、邮寄费等，这些服务也会成为其盈利的一部分。

研究生申请业务：

研究生申请业务的利润较其他业务高，因为服务费通常在4万元左右，一些老牌或质量较差的中介甚至能收到6-8万元。

零中介费模式：

有些中介声称零中介费，但实际上可能会在后期收取其他费用。

综上所述，日本留学中介通过多种方式盈利，包括从合作语言学校获得的佣金、向申请学生收取的中介费、附加服务费以及研究生申请服务费等。这些盈利模式使得中介能够在提供留学服务的过程中实现商业价值。建议申请者在选择留学中介时，仔细了解中介的盈利模式和服务内容，以避免不必要的经济负担。