办理日本留学签证的手续费如下：

一次有效签证：

人民币200元。

多次有效签证：

人民币400元。

此外，如果需要更改居留资格或再入国，还需要支付额外的手续费：

更改居留资格：

手续费为4000日元。

再入国：

手续费为3000日元。

建议在办理签证时，通过日本留学签证代办处递交申请材料，因为代办处可能会收取额外的手续费，一般为700元左右（包含交给领馆的200元手续费）。

请注意，签证费用可能会根据每年的汇率变化进行调整，建议在办理前确认最新的费用信息。