保留学籍超过两年，具体处理方式取决于个人的学籍状态和所面临的情况。以下是几种可能的情况及建议：

休学超过两年

如果因自身原因无法继续学业，需要自行办理退学手续。

如果仍希望继续学习，应联系学校教务处，申请复学。

退役后保留学籍

退役后两年内，允许入学或复学，可以按照国家有关规定转入本校其他专业学习。

档案自持超过两年

档案自持超过两年可能成为死档，需要尽快办理档案激活手续。

可以选择到当地人力资源中心、毕业院校或原工作单位办理档案激活。

未及时复学或办理其他手续

如果保留学籍超过两年且未及时复学或办理其他相关手续，可能会面临学籍失效的风险。

建议及时与学校联系，了解具体要求和流程，以免影响学业和未来发展。

综上所述，保留学籍超过两年需要根据个人的具体情况和所面临的情况来决定后续行动。如果是因为休学或其他原因导致学籍保留，建议及时联系学校了解复学或其他相关手续的办理流程。如果是因为档案自持或其他原因导致档案失效，建议尽快办理档案激活手续，以免影响未来的学业和职业发展。