留学三方违约金的计算通常依据协议中的约定条款来确定。以下是一些关键点：

具体约定：

违约金的数额通常会在三方协议中明确规定为一定的金额或者按照一定的比例计算。例如，协议约定违约金为5000元，那么违约方就需向守约方支付5000元。如果协议规定了按照一定比例计算违约金，通常是根据违约行为所造成的损失来确定比例。

实际损失：

如果协议未明确约定违约金，一般可根据因违约给对方造成的实际损失来确定。实际损失包括直接损失和间接损失，如为弥补违约行为而支出的费用、因违约导致合同目的无法实现而造成的可得利益损失等。但主张实际损失需提供充分证据加以证明。

违约金上限：

违约金的数额不得过高或过低。如果过高，违约方可以请求法院适当减少；如果过低，守约方可以请求法院适当增加。法院会根据具体情况进行裁量，综合考虑合同的履行情况、当事人的过错程度等因素。一般来说，违约金如果超过了所造成损失的30%，违约方可以请求法院予以减少。

特殊情况：

某些特殊情况下，如学生考上研究生，可能不需要支付违约金。此外，如果单位出钱送劳动者到专门的培训机构学习，劳动者答应学成之后为单位服务若干年，未满若干年劳动者违约的，劳动者需要支付违约金。这笔违约金的计算方法是培训费除以约定的服务年限，乘以违约年限。

协商确定：

违约金由学生和用人单位双方协商确定。不少单位为了“留住”学生，指定高额违约金，以此约束学生。学生可在协商中力争将违约金降到最低，通常违约金不得超过5000元。

综上所述，留学三方违约金的计算主要依据协议中的约定条款，同时需考虑实际损失和违约金上限等因素。在签订三方协议时，建议双方明确约定违约金的数额或计算方式，以避免后续纠纷。