开具日本留学学历证明的方法如下：

由学校教务处开具证明

一般情况下，学历证明由学校教务处开具。如果证明是英文或日文，可以直接提交。如果只有中文证明，则需要在中文证明的基础上，再添加一份中文证明的翻译文件。

教育部认证

某些大学院的出愿要求中可能写明需要教育部认证的，此时不能只用学校开具的证明，还需要去学信网（CHSI）申请认证。如果人在日本，不方便回国开具证明或进行认证，也可以在教育部指定的驻日机构进行认证。

日本外务省的学历认证

可以选择去日本外务省进行学历认证。所需材料包括毕业证原件、成绩证明书原件等。认证机构地址为东京都千代田区霞关2-2-1，交通方式为东京地下铁日比谷线霞关站A4、A8出口。办理时间为平日的上午9点-12点，费用为免费。

中国驻日本国大使馆的学历认证

另一个选择是中国驻日本国大使馆进行学历认证。所需材料包括护照原件及复印件、外国人登录证原件及复印件、日本外务省的学历认证书原件及复印件、大使馆的专用申请表格等。认证机构地址为东京都港区元麻布3-4-33，交通方式为东京地下铁日比谷线六本木站徒步15分钟。办理时间为平日的上午9点-12点，费用为3000日元。

线上办理学历证明公证

可以通过教育部留学服务中心网上服务大厅进行注册和登录，然后选择“在线申请”并填写认证申请表，并支付认证费。所需材料包括身份证扫描件、学历证书原件扫描件、近期免冠照片等。部分公证处可能还需提供学历证明文件如成绩单等，建议提前确认。

准备相关材料

护照原件及复印件、在读证明或毕业证书复印件、成绩单或学历认证报告、资金证明等。向学校申请，向录取学校提交办理资格认定书的材料，通常包括入学许可通知、报名费、学习期内所需学杂费的证明材料等。学校审核通过后，会寄送“在留资格认定证明书”给申请者。

向入管局申请

收到“在留资格认定证明书”后，向日本境内的入国管理局（如东京入国管理局）申请“在留资格认定”。入管局审核通过后，会发放“在留资格证认定证明书”给日本境内的语言学校。

向日本使领馆申请签证

日本境内的语言学校将“在留资格认定证明书”邮寄给申请者，申请者再向日本使领馆申请签证。

根据以上步骤，你可以选择最适合自己的方式来开具日本留学学历证明。如果需要进一步的帮助，建议联系相关机构或专业人士进行咨询。