办理日本留学存款证明，你需要准备以下材料和步骤：

有效身份证件

个人及配偶的身份证、结婚证、户口簿或其他有效居留证件原件。

受教育人的有效身份证明，如护照、签证原件及复印件。

监护关系证明

借款人与受教育人的监护关系证明，通常需要国家公证部门公证。

受教育人的出生证明。

学校相关材料

就读学校的《录取通知书》。

所读学校开出的学生学习期内所需学杂费总额的证明资料。

财产证明

以财产做抵押或质押的，应提供抵押物、质押物清单和有处分权人签署的同意抵押、质押的承诺或声明。

抵押物须提交由有关部门出具的价值评估报告和保险部门的保险文件。

质押物须提供权力证明文件。

以第三方担保的，应出具保证人同意担保的书面文件及有关资信证明材料。

银行账户信息

在贷款行开立的个人储蓄存折原件及复印件或信用卡。

其他证明文件

贷款人要求提供的其他证明文件和材料。

填写存款证明委托书

填写《存款证明委托书》一式两份，各有关栏目必须填写齐全。

支付手续费

开具银行存款证明书需要支付给银行一定的手续费，收费标准一般在20-50元人民币每份。

选择银行

存款证明一般在中国四大国家银行（中国工商银行、中国银行、中国农业银行、中国建设银行）中的一家开具即可。

冻结存款

在开具存款证明时，可能需要冻结相关账户内的资金，冻结期根据申请者提交资料的时间先后，一般在3至6个月。

注意事项

存款证明上的存款人必须是经费支付人。

使用银行的专用格式纸。

存单复印要清晰，并确认存单上的内容与存款证明的内容是否一致。

如果存款在多个银行，最好能够将资金归拢到一个银行再统一开具存款证明，并保留好相关银行单据。

建议提前咨询所在学校或日本入国管理局，了解具体的存款金额和冻结时间要求，以确保存款证明符合申请要求。