鲁迅在日本留学的时间是1899年至1904年，他先后在 东京和仙台两地学习。

东京：

鲁迅最初抵达日本是在东京，他在那里学习日语，并进入弘文学院补习。

仙台：

后来，他转入仙台医学专门学校，这所学校后来成为现在的日本东北大学医学部。仙台位于宫城县，是东北地区最大的城市之一，也是日本东北六县的首都。

因此，鲁迅在日本留学的主要地点是 东京和仙台。东京是他学习日语和初步接触西方文化的地方，而仙台则是他深入学习医学并开始思考文学和人生道路的地方。这两个地方都在他的生活和文学创作中留下了深刻的印记。