毕业生在毕业时与用人单位和学校三方签订就业协议书，主要有以下几个原因：

保障毕业生权益：

就业协议书明确了毕业生、用人单位和学校三方的权利和义务，有助于确保毕业生在毕业后得到合法和公平的就业机会，并保障其合法权益。例如，协议书中通常会规定毕业生的工作内容和职责、工资待遇、工作时间等，这些都有助于保护毕业生的利益。

促进与企业的合作：

就业协议书是学校与企业合作的一种方式，通过签订就业协议书，可以促进学校与企业之间更加紧密的合作关系，同时也为学生提供更多的就业机会。企业可以通过就业协议书了解毕业生的基本情况，从而更准确地评估其是否适合岗位需求。

便于学校管理：

就业协议书是学校进行毕业生就业管理、编制就业方案以及毕业生办理就业落户手续等有关事项的重要依据。学校可以依据就业协议书统计就业率，并作为办理报到证、户口迁移等手续的依据。

确保就业信息的真实性：

就业协议书是用人单位确认毕业生相关信息真实可靠以及接收毕业生的重要凭据。通过签署就业协议书，学校可以确保所派遣的毕业生信息真实有效，避免因信息不实而引发的纠纷。

法律效力：

就业协议书一旦签订，就具有了法律效力，三方都应遵守协议中的约定。如果出现违约情况，违约方需要承担相应的法律责任和经济赔偿责任。

综上所述，签订就业协议书是为了保障毕业生、用人单位和学校三方的权益，确保就业过程的合法性和规范性，并为后续的就业手续办理提供依据。因此，建议毕业生在毕业时认真阅读并签订就业协议书，以维护自己的合法权益。