灵活就业女性晚退休的原因主要有以下几点：

历史原因

最早的规定中，女干部55岁退休，女职工50岁退休，这是由于早期的工厂多为劳动强度大的企业，女职工多为体力劳动，而女干部为脑力劳动，国家因此对女职工有所优待。

统筹基金压力

目前养老保险基金压力较大，国家有延长退休的准备。如果将女性职工的退休年龄逐渐延长至55岁，可以减轻社保基金的压力，并为未来延迟退休减少一些阻力。

养老金差异

灵活就业人员的社保缴纳基数和待遇相对较低。例如，灵活就业人员需要全额支付养老保险费用（20%），而职工只需支付8%。即使缴纳相同的费用，灵活就业人员的养老金也会比职工少很多。为了减少这种差异，国家可能认为让灵活就业女性晚退休5年，通过增加缴费年限来提高她们的养老金待遇。

政策延续

2001年的政策规定灵活就业女性55岁退休，这一政策一直延续至今。

社保制度改革

灵活就业人员的退休问题涉及到社保制度的改革和完善，需要相关部门进行深入研究和制定具体政策。这也增加了政策制定的难度和复杂度，因此延迟退休也是出于政策制定的需要和实际情况的考虑。

综上所述，灵活就业女性晚退休的原因是多方面的，包括历史遗留问题、统筹基金压力、养老金待遇差异、政策延续以及社保制度改革等。这些因素共同作用，导致了灵活就业女性需要在55岁退休。