灵活就业医疗保险的低档和高档主要存在以下区别：

缴费标准

低档次的医保缴费金额较低，适合收入水平较低的灵活就业人员；高档次的医保缴费金额较高，适合收入水平较高或对医疗保障要求较高的人员。

低档次缴费比例一般为4%左右，高档次缴费比例一般为8%左右。

报销待遇

高档次医保的报销比例通常高于低档次，报销范围更广，封顶线更高，个人承担的医疗费用相对较低。

低档次医保的报销比例较低，封顶线较低，个人承担的医疗费用相对较高。

医保个人账户

低档次医保没有医保个人账户，即缴费后不会往个人账户里面返款。

高档次医保有医保个人账户，缴费后会有一部分资金划入个人账户，可用于门诊看病和买药。

其他待遇

高档次医保可能享有更多的福利，如生育津贴等。

低档次医保在特病报销病种和门诊报销方面可能有限制。

建议

经济条件允许的情况下：建议选择高档次医保，因为高档次医保不仅报销比例高，还有医保个人账户，可以在定点药店买药，更为划算。

经济条件有限的情况下：可以选择低档次医保，虽然报销比例和范围较低，但缴费金额也相应较少，适合收入水平较低的灵活就业人员。

根据以上信息，灵活就业人员可以根据自己的经济状况和对医疗保障的需求来选择合适的医保档次。