办理日本留学保证金需要遵循以下步骤：

选择合适的银行账户

最好选择中国四大银行（中国银行、建设银行、农业银行、工商银行）之一进行存款和开具存款证明，以确保材料的真实性和可信度。

存款

将所需资金以定期存单的形式存入所选银行，存期至少为半年。

存款金额根据在日本读书期间一年的开销计算，通常需要准备16-20万元之间。

开具存款证明

向银行申请开具存款证明，存款证明需注明存款金额、存期、货币种类等信息。

存款证明需由银行盖章确认，并确保在签证申请通过后的一段时间内仍然有效。

准备其他相关材料

如果资金由他人提供（如父母或亲属），需提供资金来源证明，如收入证明、银行流水等，以证明资金的合法来源。

提供有效身份证件，如护照、身份证等，以证明你的身份。

根据国家和留学类型的要求，可能还需要提供其他相关材料，如录取通知书、学费缴纳证明等。

提交材料

在申请签证时，将存款证明作为重要的经济证明文件提交给签证官。

确保所有提交的材料在信息上保持一致，如姓名、出生日期、护照号码等，任何不一致都可能导致签证申请被拒绝。

注意事项

在存款期间，尽量避免资金的大幅波动，如大额存入或取出，以免影响签证申请。

如果存款在多个银行，最好将资金归拢到一个银行再统一开具存款证明，并保存好资金归拢过程中的相关银行单据，用于解释资金的来源。

通过以上步骤，你可以顺利办理日本留学所需的保证金。建议在办理过程中，所有材料和手续都尽量提前准备，以确保签证申请的顺利进行。