灵活就业人员只交两险的原因主要有以下几点：

工伤保险和失业保险的实用性较低

灵活就业人员由于没有固定的工作单位，因此不太可能面临工伤和失业的风险。工伤保险和失业保险的费用通常由单位承担，对于个人参保的灵活就业人员来说，这两个险种没有实际用处。

减轻经济负担

灵活就业人员个人参保时，只需要缴纳养老保险和医疗保险，这样可以降低缴费费率，减轻其经济负担。相较于五险，两险的费用相对较低，适合收入不稳定的人群。

管理上的简化

灵活就业人员只缴纳两险，意味着需要分别建立和管理养老保险和医疗保险的账户，操作上更为简便。虽然生育保险可以合并到医疗保险中个人缴纳，但报销时只能报销生育医疗保险，没有生育津贴。

政策规定的限制

根据相关规定，社保包括养老、医疗、工伤、失业和生育五个险种，但灵活就业人员只能选择缴纳养老和医疗两个险种。其他险种如工伤保险和失业保险，灵活就业人员无法自行缴纳。

综上所述，灵活就业人员只交两险主要是由于工伤保险和失业保险对他们来说实用性较低，且为了减轻经济负担和管理上的简化。尽管如此，养老保险和医疗保险仍然是灵活就业人员社保的重要组成部分，能够提供基本的生活保障。