灵活就业医保余额为零的原因主要有以下几点：

缴费档次选择：

灵活就业人员参加社保时，可以选择不同的缴费档次。如果选择的是低档次缴费（通常在4%左右），则不会建立个人医保账户，因此医保账户余额为零。

未建立个人账户：

部分地区的灵活就业人员社保政策规定，只有选择高档次缴费（通常在8%左右）才会建立个人医保账户。如果灵活就业人员选择按照低档次的标准缴纳职工医疗保险，那么就不会有个人医保账户，导致医保账户余额为零。

医保政策差异：

各地灵活就业人员社保政策有所不同，有些地区规定灵活就业人员医保只在退休后建立个人医保账户，因此不会每月退钱。

未激活医保卡：

如果医保卡没有激活，也会导致余额显示为零。

查询方式错误：

有些用户可能会误将医疗保险卡个人余额作为社会保障卡金融余额进行查询，但社会保障卡金融账户需要个人往里存款后才会有余额。如果用户并没有往里存款，则余额为0。

未进行划账：

如果参保人刚刚拿到医保卡不久，查询余额时发现为零，可能是因为医保经办机构还没有正式划账，只需要耐心等待即可。

参加的是居民医保：

如果参保人参加的是城乡居民医保，而不是城镇职工医保，那么也是查询不到医保卡个人账户余额的，因为城乡居民医保只有统筹账户，没有个人账户。

个人账户余额用完：

如果医保卡个人账户中的钱已经用完了，那么查询的时候自然会显示余额为零。

综上所述，灵活就业医保余额为零的原因可能是由于缴费档次选择、未建立个人账户、医保政策差异、未激活医保卡、查询方式错误、未进行划账、参加的是居民医保或个人账户余额用完等多种因素导致的。建议灵活就业人员仔细了解当地政策，选择合适的缴费档次，并及时激活医保卡，以确保能够享受到医保待遇。